軟件著作權登記有著很重要的意義和作用，主要體現在以下幾點：
作為稅收減免的重要依據
財政部、國家稅務總局《關于貫徹落實〈中共中央、國務院關于加強技術創新，發展高科技，實現產業化的決定〉有關稅收問題的通知》規定：“對經過國家版權局注冊登記，在銷售時一并轉讓著作權、所有權的計算機軟件征收營業稅，不征收增值稅。”
作為法律重點保護的依據
《國務院關于印發鼓勵軟件產業和集成電路產業發展若干政策的通知》第三十二條規定：“國務院著作權行政管理部門要規范和加強軟件著作權登記制度，鼓勵軟件著作權登記，并依據國家法律對已經登記的軟件予以重點保護。”比如：軟件版權受到侵權時，對于軟件著作權登記證書司法機關可不必經過審查，直接作為有力證據使用；此外也是國家著作權管理機關懲處侵犯軟件版權行為的執法依據。
作為技術出資入股
《關于以高新技術成果出資入股若干問題的規定》規定：“計算機軟件可以作為高新技術出資入股，而且作價的比例可以突破公司法20%的限制達到35%”。甚至有的地方政府規定：“可以100%的軟件技術作為出資入股”，但是都要求首先必須取得軟件著作權登記。
作為申請科技成果的依據
科學技術部關于印發《科技成果登記辦法》的通知第八條規定：“辦理科技成果登記應當提交《科技成果登記表》及下列材料：（一）應用技術成果：相關的評價證明（鑒定證書或者鑒定報告、科技計劃項目驗收報告、行業準入證明、新產品證書等）和研制報告；或者知識產權證明（專利證書、植物品種權證書、軟件登記證書等）和用戶證明”。這里的軟件登記證書指的是軟件著作權的登記證書和軟件產品登記證書，其他部委也有類似規定。
企業破產后的有形收益
在法律上著作權視為“無形資產”，企業的無形資產不隨企業的破產而消失，在企業破產后，無形資產（著作權）的生命力和價值仍然存在，該無形資產（著作權）可以在轉讓和拍賣中獲得有形資金。
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